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1. 「FPDF(FPDI)で作成したファイルにパスワードをつける」で紹介されている fpdf_protection.php をダウンロード。
2. 日本語を使用するため，同ページを参考に mbfpdf.php を書き換える。
3. 次のような PHP プログラムを作成。

   <?php
   require('mbfpdf.php');
   
   $pdf = new MBFPDF();
   
   $pageno = $pdf->setSourceFile("source.pdf");
   
   for ($i = 0; $i < $pageno; $i++) {
       $tplidx = $pdf->ImportPage($i + 1);
       $pdf->addPage();
       $pdf->useTemplate($tplidx);
   }
   
   $pdf->SetProtection(array('print'), '1234', '5678');
   
   $pdf->Output();
   ?>
   

   source.pdf の部分は元の PDF ファイル，1234，5678 はそれぞれ表示パスワードと管理パスワードを指定する。

(2010/1/10 追記)

わかりにくかったので書きなおしました。